Ніхто не знає точно, що викликало загибель цивілізації майя. Єдине, що можна сказати достовірно, це те, що майя раптово покинули свої міста в 9-10 століттях н. е., кинувши все нажите добро і створені їхніми руками величезні піраміди, залишивши землеробство і закинувши ритуальні обряди. Досі існують лише припущення про те, що сталося.
Головною ознакою занепаду вчені вважають припинення створення нових стел, починаючи з 10 століття н. е. Згідно з календарем майя, у 889 році за нашим літочисленням у них завершився великий часовий цикл, це було серйозне подія для цього народу. Але лише в трьох великих містах були зведені стели. Це дозволяє сказати, що починаючи з 10 століття, міста були кинуті місцевими жителями, і багато хто з них були «захоплені» джунглями, в інших оселилися прийшлі племена тольтеків.
Вчені не можуть пояснити не тільки причину занепаду міст, але і чому центральні території майя раптово позбулися більшої частини населення. Думки вчених розділяються, вони вважають, що причиною цього міг стати занепад землеробства, природні чи соціальні лиха, епідемії, вторгнення інших племен і полон майя, або дисбаланс статей у населенні – гіпотез дійсно багато. Деякі з них навіть приписують до зникнення майя втручання інопланетних сил. При цьому жодне з цих припущень не знайшов переконливого підтвердження.
Дослідження Юкатана показали, що в середині 9 століття на території майя вторгалися інші народи з Центральної Мексики, на заході півострова навіть було виявлено чимало предметів, створених приблизно в цей час, і не належать народу майя. У Сейбале, приміром, виявили безліч стел та релігійних предметів, таких як маска Тлалока, що належать до народу тольтеків. Цілком можливо, що інші майянські землі вже були ослаблені в силу невідомих причин, тому загарбникам було відносно легко захопити нові землі.
В даний момент тривають археологічні дослідження в місцях, де мешкала зникла цивілізація майя, вчені продовжують працювати з древніми текстами, силкуючись зрозуміти їх зміст. Можливо, розшифровка записів майя, що належать до пізнього періоду їх існування, допоможе пролити світло на таємницю їх зникнення, після якого лише невелика група людей, що належать до майя, продовжила жити на цих землях.