Переслідування, наклепи та звинувачення в чаклунстві – такі звинувачення вчені Середніх Століть найчастіше отримували за свою роботу. Однак завдяки їх старанням людству вдалося дізнатися багато нового про природу речей. Вчені також були і в лавах затятих поборників християнства, їх робота дозволила внести перетворення в церковні структури. Одним з таких учених став Фома Аквінський, філософ, який жив у 13 столітті. Він став засновником руху, що отримав назву ” схоластика, завдяки йому роботи Аристотеля, перш критикувалися як прояв бездуховного античного світу, отримали визнання. Його основною працею стала книга «Сума теології», в якій він підносив людину як сукупність безсмертного духу і тіла.
Його теорії були прийняті в якості офіційної церковної ідеології. Саме він висунув п’ять доказів існування Бога, при цьому він стверджував, що істини, доведені наукою, і церковні догмати не можуть один одному суперечити. Через деякий час після смерті його зарахували до лику святих.
Вчені Середніх Віків до кінця цього періоду почали цікавитися проблемами світобудови, багато з них у своїй роботі помічали, що реальна природа речей багато в чому відрізняється від того, що говорить Церква. Основоположником цієї наукової течії став Роджер Бекон, який жив з 1214 за 1294 роки. Він стверджував, що людина в силу своєї природи прагне до абсолютної істини, проте Бог відкриває лише частина відомих знань. Його послідовником можна назвати і Леонардо да Вінчі, який вважав за краще займатися практичними дослідженнями. Саме Роджер Бекон вперше висунув ідеї про створення телескопа і літаючих механізмів, хоча вони були реалізовані значно пізніше.