Загадки ацтеків до цих пір розбурхують розуми археологів, істориків та містифікаторів. Дивним був сам факт, що чудові навички в архітектурі, медицині і творчості поєднувалися в ацтекськім суспільстві з кривавими жертвоприношеннями. Ацтекські храми були побудовані невідомим чином, їх храми складалися з величезних базальтових блоків, невідомо яким чином перевезених на місце будівництва і закріплених на заданому місці, адже ацтеки навіть не були знайомі з колесом.
Багато стародавні пам’ятники та інші виявлені в ході розкопок об’єкти – це самі справжні загадки ацтеків. Наприклад, так званий Камінь Сонця, довжиною 3,6 метра і товщиною в 1,22 метра, виявлений в 1790 році, є одним із найдавніших пам’яток ацтекської культури. Цей 24-тонний монумент часто називають календарем ацтеків, однак ця думка помилкова. На цьому монументі відображені уявлення ацтеків про походження Всесвіту. Ацтеки були переконані, що Всесвіт пережила чотири епохи, кожна з яких завершувалася катастрофою.
Сучасний історик Денікен переконаний, що ацтеки якимось чином дізналися про розвиток планети Земля у ході її формування, так як описані катаклізми (вогонь з небес, затоплення водою та інші) дійсно мали місце. Втім, ті ж ацтеки вірили, що п’ята ера почалася в 986 році н. е. за нашим літочисленням, хоча насправді ця дата пов’язана з початком переселення ацтеків в Мексиканську долину. Тоді і зародився кривавий культ Сонця, що вимагає постійних людських жертвоприношень – ацтеки вірили, що Бог Тонатіу під час зародження нової ери кинувся у вогонь і став новим Сонцем, тому для його підтримки постійно потрібна людська кров.
Археологи провели чималу роботу, розшукуючи секрети ацтеків у стародавньому місті Теотіуакані. Втім, саме це місто не був створений ацтеками – вони просто заселили древнє місто, збудований за два тисячоліття до цього. Ацтеки були настільки вражені цим місцем, що назвали його «місцем, в якому люди перетворюються на богів». Місто знаходиться на відстані в 50 км на північний схід від мексиканської столиці. Це один з найбільш цікавих пам’яток архітектури в світі, велике місто не мав аналогів у всій стародавній Латинській Америці, навіть Теночтітлан в роки свого розквіту відставав від нього за розмірами. Вважається, що в місті жило близько двох сотень тисяч осіб, і за розмірами він перевершував інші міста давнину. Достеменно відомо, що це місто був кинутий усіма жителями в 700 році до н. е.., з нез’ясованої причини. Інші дослідники стверджують, що в місті люди взагалі не жили.
Досі ця таємниця ацтеків залишається нерозкритою. Місто досі залишається предметом численних містифікацій, адже піраміди в цьому місті розташовані в точній відповідності з розташуванням планет Сонячної системи. При цьому розміри пірамід теж їм відповідають – найбільша піраміда в Теотиуакане – піраміда Сонця. Вона була збудована приблизно тоді ж, коли був зведений Колізей в Римі. Дещо менші розміри були в піраміди Місяця, в якому були виявлені останки 12 осіб.
Відстань між пірамідами Теотіуакана повністю відповідає реальному відстані між планетами нашій зоряній системі, в масштабі 1:100 млн. В 2008 році під пірамідою була виявлена печера, однак місцева влада заборонила дослідити її. Вчені не залишають надії дослідивши печеру виявити і розгадати нові секрети ацтеків.
Порівняно нещодавно археологам під час розкопок неподалік від храму Темпл Майор, виявленого в центрі Мехіко, вдалося знайти загадкові кам’яні плити, на яких був зображений календар і деякі сцени з їх міфів. На одній з цих плит зображується народження бога-колібрі, Уїцилопочтлі. На іншому барельєфі було виявлено зображення, що оповідає про народження бога Сонця і його битві з богинею Місяця. На табличках були зображені й інші фігури, воїни зі щитами або пов’язані по руках і ногах люди. Ці стародавні барельєфи були створені в 15 столітті, при цьому археолог Рауль Баррера, який керував розкопками, переконаний, що всі ці зображення є особливою формою письма. Саме це і є найзагадковішим – таблички істотно відрізняються від всіх інших творів мистецтва ацтеків, на них зображені досі невідомі символи і незнайомі перш ритуали.
Ацтеки досягли великих успіхів в обробці мінералів та вулканічного скла обсидіану. Хоча вони і вміли поводитися з деякими металами, для зброї вони використовували в першу чергу обсидіан. Їх зброя виготовлялася з дерева. На гострих краях мечів макуавитль вирізалися пази, в які за допомогою особливого клею закріплювалися загострені шматки обсидіану. Ножі з обсидіану були навіть більш гострими, ніж зброя європейських завойовників. Завдяки обсидиановому зброї ацтеки захопили практично всю Центральну Америку. У хроніці завоювання країни іспанцями вказувалося, що воїн ацтеків, озброєний макуавитлем трохи поступався іспанському мечикові. Також обсидіан ацтеки використовували у своїй медицині, яка багато в чому перевершувала медицину народів Європи і Азії. Таємниця ацтеків про обробці обсидіану канула в небуття разом зі всієї цивілізації. Ніхто не знає, як вони їх робили, сьогодні подібну обробку обсидіану можна повторити, тільки використовуючи алмазні різаки.
Ще однією ацтекської таємницею є поховання, виявлене під Темпл Майор, великим храмом, збудованим в ацтекської столиці Теночтітлані. Докладне дослідження поховання показало, що в ньому було поховано близько 2 тисяч осіб. При цьому майже всі вони були чоловіками, серед них була похована лише одна жінка. Поховання було закладено в 15 столітті, і до цих пір невідомі обставини, при яких воно було створено. Хто ця жінка, і чому разом з нею поховали стільки принесених у жертву людей, досі невідомо.