Відомості про те, де саме знаходилася столиця Стародавньої Македонії, були вперше записані Геродотом у хроніках перського вторгнення в Грецію. Тоді він ще не належав македонянам, однак під час правління Олександра I, усилившего свій вплив завдяки персам, місто був включений до складу Македонії. По всій видимості, після вторгнення фракійців Пелла було обрано столицею, так як місто розташований у самому серці земель македонян, і була чудово захищена.

На початку 4 століття, з посиленням впливу Давньої Македонії в еллінському світі, Пелла значно розвинулася і стала найбільшим містом в державі. Колишня столиця Егі залишалася, тим не менш, культурним центром Македонії. Цар Архелай, що правив з 413 по 399 роки до н. е. побудував в Пелле величний палац, і запросив художника Зевксиса для його розпису. Цікаво, що в ті часи самі македоняне називали містами навіть невеликі фортеці, в той час як самі воліли проживати в сільській місцевості. З цієї та інших причин стародавні греки зі зневагою ставилися до македонянам, вважаючи їх варварами, однак такий пристрій суспільства дозволило македонцям створити найбільш численну і могутню кінноту в усій Давній Греції, в той час як всі елліністичні держави покладалися в боях на піхоту.

В 2 столітті до н. е. римляни остаточно зломили опір македонян, і захопили державу. З тих пір столиця Стародавньої Македонії втратила самостійність, залишаючись лише одним з чотирьох адміністративних центрів у всій Македонії. Пізніше римляни воліли встановити центр регіону у місті Салоніки, в результаті чого Пелла втратила своє значення, і була покинута. У 1 столітті до н. е. місто було остаточно зруйнований землетрусом, і його залишки були виявлені археологами в 1914 році.