До середини XV століття Московське царство вже повністю відійшло від наслідків монгольського панування, і проводила агресивну загарбницьку політику подібно зниклим ординцям. Якщо говорити про лівонській війні коротко – це зіткнення між Московським царством і литовською державою. Так, в 1558 році Московське царство атакувало землі, на яких розташована Білорусь, Латвія та Естонія. Московські армії атакували Лівонію в 1558 році. Були захоплені Нарва, Дерпт і безліч інших міст, де раніше базувався орден тевтонських лицарів. У 1561 році Лівонська конфедерація була скасована, і увійшла до складу литовського князівства.
Через два роки московські загони зайняли Полоцьк, однак тут загарбницькі успіхи для Москви закінчилися. Після цього війна увійшла в пасивну фазу. Московські війська не розвивали наступ, литовська армія також не виявляла великої активності. Крім того, після цих подій Литовське Князівство увійшло до складу Речі Посполитої, об’єднавшись з Польщею в 1569 році. Через кілька років московські війська відновили наступ, однак Ревель відбився, і загарбники були змушені відступити.
Річ Посполита скористалася цією перемогою, і уклавши союз зі Шведами перейшла в контрнаступ. Полоцьк був відбитий поляками, Нарва була відбита Шведами, однак Псков і фортеця Горішок встояли. Протистояння тривало ще кілька років, однак у 1582 році учасники війни виснажилися, що призвело до підписання Ям-Запольское і Плюсское перемир’я. Московське царство втратило всі завойовані території, а після контрнаступу Речі Посполитої і Швеції були втрачені Копорья, Яма і Івангород.
Скасована Лівонська конфедерація стала частиною Речі Посполитої, Данії і Швеції. Побіжно проаналізувавши наслідки Лівонської війни, можна зробити висновок, що вони носили резонансний характер. Лівонський (тевтонський) орден був знищений, дві великі держави Східної Європи об’єдналися перед обличчям спільного ворога. В даному випадку більше виграла Польща, так як саме польський король і його наближені залишилися у владі Речі Посполитої.
Для Московського царства ця війна закінчилася економічним занепадом. В принципі, крім загарбницьких амбіцій московський цар переслідував мету домогтися кращих торгових умов, так як Лівонська конфедерація блокувала торговельні шляхи між Московським царством та іншими країнами Європи. Однак, недооцінивши суперника, московський цар втратив більше, ніж сподівався отримати.