Розвиток товарно-грошових відносин в європейських містах у 12-13 століттях зумовило зростання міст. Освіта стало більш поширеним, а разом з ним з’явилося і вільнодумство. Селяни почали боротися проти пануючого класу феодалів, і часто їх боротьба облекалась в ідеологію, яку в церкві вважали ворожою. Саме в цей період почався перший криза католицизму.
Ватикан зробив спроби подолати його, провівши суттєві перетворення і провівши ідейне оновлення. З’явилися ордени жебракуючих ченців, а вчення, складене Фомою Аквінським і передбачають гармонію між розумом і вірою, було прийнято в якості основної церковної доктрини. Саме в цей час почалася боротьба проти єресі, для ведення якої була створена інквізиція, в Середні Віки ця організація стала тією силою, яку боялася велика частина населення в католицьких країнах.
Її діяльність розгорнулася в кінці 12 століття. В 1184 році Папа Луцій III наказав всім єпископам знаходити єретиків, встановлювати їхню провину, і передавати світській владі, яка повинна була здійснити покарання. В 1215 році сповідь стала обов’язковою для всіх, ті, хто відмовлявся проходити через неї, були відлучені від Церкви, і найчастіше не виживали. Читання Біблії було заборонено для простих громадян, тлумачення писань залишилося прерогативою церковників. Простих громадян, ревнителів віри, об’єднували в організації, які займаються пошуком єретиків. З 1227 року розгорнулася діяльність інквізиції повним ходом. Одним з найстрашніших інквізиторів в історії став Хома Торквемада, що здійснював свою діяльність в Іспанії. При ньому страти єретиків стала публічною, і був створений кодекс, що визначає права і функції, а також процесуальні початку інквізиційного суду.
З часом інквізитори стали звинувачувати все більшу кількість людей у єресі. Особлива увага приділялася жінкам. Багатьох з них стали звинувачувати в чаклунстві, на вогнище жінка могла потрапити, навіть якщо вона просто виділялася зовнішністю чи манерою поведінки з натовпу. Будь-який чоловік міг пояснити свою пристрасть до тій чи іншій жінці чарами і чаклунством, проти яких розгорнули боротьбу інквізитори. Таким чином, інквізиція в Середні Століття згубила величезна кількість людей, і все це було зроблено для зміцнення влади церкви над католицьким світом, яку та з часом, все одно втратила.