Боги Фінікії маловідомі в масовій культурі, хоча багато хто, мабуть, чули ім’я бога Баала, з яким найчастіше пов’язують Карфаген, а не Фінікію. Однак до першого тисячоліття до н.е. фінікійці в якості верховного бога шанували Ела. Вони вважали його божеством, яке керує всесвітом, але не втручається в земні справи, тому його «популярність» почала падати. Стародавній історик Філон, проводячи паралель між фінікійської і грецькою міфологією, надавав йому значення, яке греки надавали Хронос. Як і в грецькій міфології, новий верховний бог Баал повалив старого правителя.
Для фінікійців Баал-Шамим був божеством космосу, він правил небом, всієї земної життям, і протегував мореплавцям. Жив він високо над землею, і шанувався у всіх фінікійських містах, включаючи колонії. При цьому фінікійці також шанували бога моря, Баал-Малака, цілком можливо фінікійці саме в його честь назвали одну з своїх іспанських колоній, місто Малага. По всій видимості, після загибелі фінікійського держави карфагеняни об’єднали ці два образи, і продовжили поклонятися богу Баалу.
Однак не всі боги Фінікії були «унікальними» – деякі божества прийшли до них із шумерської культури. Богиня Астарта вважалася у фінікійців верховним жіночим божеством, для них вона була богинею родючості й любові. При цьому вавілоняни поклонялися богині Іштар, що носить ті ж функції, а в ассирійців богиня Астарта шанувалася як богиня війни, хоча і займала те ж місце у божественній ієрархії.
Культ вищих божеств у фінікійців був досить сильним, з певною періодичністю представники всіх фінікійських колоній вирушали в далеку і ризиковану подорож в Тир і інші релігійні центри Фінікії, тільки щоб отримати благословення від своїх богів. Ця традиція була сильна аж до падіння Фінікії під ударами ассірійців.