Для того, щоб провести аналіз складних сумішей, який проводиться з використанням електрокінетичних явищ – электромиграции іонів та інших заряджених частинок, а також электроосмотра, щоб провести поділ та визначення компонентів, що використовується система капілярного електрофорезу.
Явища капілярного електрофорезу виникає в розчинах, які поміщаються в електричне поле з переважно високою напругою. У разі, якщо розчин розташований у тонкому капілярі, то електричне поле, яке накладається уздовж капіляра, стимулює рух частинок і пасивний потік всієї рідини. Внаслідок цієї процедури проба розділиться на окремі компоненти, оскільки кожен сорт частинок має свої специфічні параметри электромиграции.
Однак, такі чинники збурювання, як дифузія, сорбция, конвекція, гравітація й інші, в капілярах значно більш слабкі, що сприяє набагато більш ефективному розподілу.
Метод капілярного електрофорезу застосовують для того, щоб провести аналіз різних речовин і об’єктів, таких як катіони металів, неорганічні і органічні аніони, амінокислоти, вітаміни, наркотики, пігменти і барвники, білки, пептиди. Даний метод широко використовується в аналізі фармацевтичних препаратів і харчової продукції, контроль якості води та напоїв. Без нього не обходиться також технологічний контроль виробництва та вхідний контроль сировини. Серед галузей, які активно використовують електрофорез, слід виділити криміналістику, медицину, біохімію.