Територія, на якій розташовується сучасний Іран, у Середні Століття вступила в складі держави Сасанідів. У 6 столітті воно суттєво послабився з-за внутрішніх конфліктів і міжусобиць. Хосров ІІ Парвіз, що правив з 590 по 628 року, зумів навести порядок за підтримки Візантії, однак згодом знову спалахнув конфлікт з візантійцями, в ході якого державі Сасанідів був нанесений потужний удар, від якого воно вже не змогло оправитися. В результаті цього араби досить швидко зайняли велику частину Месопотамії. В 650 році столиця Персії Истахра впала під ударами загарбників, і весь Іран потрапив під владу Арабського халіфату.
Згодом Іран у Середні Століття став полем битви між представниками різних правлячих династій, у тому числі і тюркських, які правили тут до початку 11 століття. Ближче до середини цього сторіччя Іран упав під ударами турків-сельджуків, які проживали на Сирдар’ї, після в Хорезмі, а в 1040 році захопили Хорасан. З цього часу Іран став частиною держави Сельджуків, який зайняв більшу частину Близького Сходу. У 12 столітті влада перейшла до Хорезму. Держава при хорезмшахах розширилося до величезних меж, проте його знову почала трясти міжусобна боротьба, яка виявилася вигідною для монгол.
Війна з монголами почалася восени 1219 року, хорезмшах Мухаммед виявився слабким правителем, і не зміг протистояти ордам добре підготовлених завойовників. У 1221 році вже його спадкоємець був змушений тікати за річку Інд. Загарбники сплюндрували все держава, потім розграбували Мідію, Азербайджан і Русь. Лише Керман і Фарс зуміли вціліти, так як від монгол вони відкупилися. В кінці 14 століття Іран був завойований тимуридами. Середньовіччя для Ірану завершився з падінням туркменської династії під ударами шаха Ісмаїла, який заснував династію Сефевідів.